Actualmente, las inferiores del club se encuentran disputando el Torneo de AFA desde 2012, teniendo un debut importante en aquel año, cuando logró clasificar a la Zona Campeonato (fase final para luchar por el título) siendo ese el primer año de competencia profesional y nacional para las divisiones del «semillero» bodeguero. Juan Manuel Llop, logró con Godoy Cruz el ascenso a «Primera A», en 2006, obteniendo el campeonato en la «B Nacional».
