Godoy Cruz tuvo que disputar la promoción para mantener la categoría frente a Huracán en que pierde ambos encuentros -0-2 en Parque Patricios y 2-3 en Mendoza- y el día 24 de junio de 2007 desciende de categoría, volviendo a jugar en la «B Nacional». Copa de la Liga Profesional 2020: El torneo intermedio denominado también «Copa Diego Armando Maradona», dio lugar a los 24 equipos de Primera División vigentes, inició en noviembre de 2020 y finalizó en enero de 2021, en dicha competencia, Godoy Cruz compartió con Banfield, River Plate y Rosario Central la ‹Zona 3›, el «Tomba» tuvo una campaña olvidable, cosechando un empate y 5 derrotas; para la siguiente etapa, en ‹Zona Complementación›, compartió el ‹Grupo B› con otros 5 equipos, tuvo una leve recuperación al obtener una victoria contra Estudiantes de La Plata, un empate y 3 derrotas; en medio de éste campeonato, Godoy Cruz tuvo dos entrenadores, iniciando con Diego Martínez y finalizando con Daniel Oldrá.
