Yukino, que ya fue personaje principal en el primer juego, está por lo tanto muy familiarizada con los demonios. Su camino se entrelaza con las de otros dos estudiantes, Eikichi y Lisa, durante un encuentro con el Joker, un personaje que se invoca tras llamar a su propio número de móvil. Los seis personajes jugables son Tatsuya Suou, estudiante de tercer año del instituto Seven Sisters; Lisa Silverman, una compañera una año menor de raza caucásica que adora a Tatsuya; Eikichi Mishina, un aspirante a músico y auto-proclamado «líder de la banda» del instituto Kasugayama; Maya Amano, editora optimista de una revista para adolescentes; Yukino Mayuzumi, compañero de trabajo de Maya y superviviente del primer juego; y Jun Kurosu, hijo de un profesor que conoció a una muerte espantosa dentro de la escuela.
